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1956年3月,由顾恺时起草建立“上海市立胸部外科医院”计划。

1956年12月,经上海市人民政府批准,在原上海第二医学院附属宏仁医院的旧址建立上海市胸科医院。

1957年11月2日,上海市胸科医院正式成立。首任院长黄家驷、副院长兰锡纯、顾恺时。

1970年11月,经上海市卫生局批准,改党支部为党总支。

1981年,医院整体迁至淮海西路现址。

1987年5月,医院建立职代会制度,召开首次职工代表大会。同年7月党总支改为党委。

1988年成为上海第二医科大会教学医院。

1994年10月医院通过评审,成为三级甲等专科医院。

2000年,门急诊医技综合楼建成,投入使用。

2004年,医院成为上海市红十字胸科医院。

2005年,医院成为上海交通大学附属医院。

2006年4月,住院楼2号楼建成,投入使用。

2012年12月,上海市肺部肿瘤临床医学中心综合楼(3号楼)建成,投入使用。